يكي از شخصیتهای برجسته حوزه آیه ا... دکتر سید مصطفی محقق داماد مدیریت دپارتمان فقه پزشکی دانشگاه را بر عهده گرفت.

هدف از راه اندازی این گروه ایجاد زمینه تعامل بین حوزه و دانشگاه در زمینه مسائل مستحدثه پزشکی است. تکنیکهای نوین زیست پزشکی، شبیه سازی انسان، پیوند اعضاء، تلقیح مصنوعی، انتقال خون، مسئولیت پزشکی، اتانازی (قتل ترحم آمیز)، حوادث پزشکی، دیات و بیمه های پزشکی و دهها موضوع مبتلابه دیگر پزشکی که چالش های بزرگی فراروی جامعه پزشکی قرار داده است از محورهای اساسی فعالیت این دپارتمان محسوب می شود.